El Tribunal Supremo, en sentencia 15 de diciembre de 2023, ha rechazado un recurso interpuesto por la Administración General del Estado contra otra sentencia dictada por la Sala de lo Contencioso Administrativo de la Audiencia Nacional en la controversia que tienen las universidades y la Administración Tributaria en relación a la reducción del Impuesto sobre el Valor Añadido (IVA) aplicable a la actividad de investigación básica de las universidades. 

La polémica en cuestión gira alrededor del derecho a la deducción del IVA soportado, en este caso de la Universidade Da Coruña durante el ejercicio de 2012, en relación a los gastos relacionados con la investigación básica –la adquisición de documentación y recursos electrónicos para la biblioteca de la universidad–.

Según relatan los hechos de la sentencia, esta actividad de investigación básica no se debe entender siempre sujeta al IVA, ya que dentro de dicha actividad existe una parte que no tiene consideración de actividad empresarial o profesional por no concurrir el ánimo de explotar empresarialmente, de manera mediata o inmediata, de los resultados de la misma.

Por su parte, el Supremo defiende el régimen de sectores diferenciados, distinguiendo, tributariamente el de enseñanza, sujeto y exento, y el de investigación, sujeto y no exento. Asimismo, reprocha que la Administración separe dentro del sector de investigación, el de investigación en los vistos de básica y aplicada, siguiendo la calificación universitaria, convirtiendo a la investigación básica en no sujeta y aplicando la regla de la prorrata general tanto en la enseñanza como en la investigación.

Deducción en la investigación básica

Esta fórmula en palabras de la Sala, desquicia el sistema. Si se considera que la investigación básica no está sujeta –y a esta conclusión llega aplicando la lógica del impuesto– debería aplicar razonable y proporcionalmente la deducibilidad en el sector de la investigación.

Por tanto, la Sala de lo Contencioso administrativo considera propio aplicar el sistema legalmente previsto para la universidad de sectores diferenciados, uno el de enseñanza –sujeto y exento– y otro el de investigación –sujeto y no exento–, con derecho a la deducción del 100%, excepto en las adquisiciones comunes para ambos sectores, que debe aplicar la regla de la prorrata.

En este caso, la sentencia subraya que lo que ha hecho la Administración Tributaria sobre la actividad de investigación básica no sujeta parcialmente es aplicar la regla de prorrata, como si esta fuera común a ambos sectores, pero no es la forma correcta. 

La Sala indica que la regularización llevada a cabo la Administración requirió en varias ocasiones a la universidad a que aportara los proyectos de investigación básica, no ateniendo esta los requerimientos, aunque no fueran destinados a comprobar si las operaciones, adquisiciones de bienes y servicios, eran comunes a ambas actividades de enseñanza y de investigación, sino para analizar si los proyectos de investigación básica desarrollados estaban o no sujetos, lo que resultaba irrelevante para concluir la aplicación de la regla de prorrata general como si se tratara de adquisiciones comunes a ambos sectores.

Por todo lo expuesto, el Tribunal Supremo declara no haber lugar al recurso de casación interpuesto por la Administración General del Estado contra la sentencia de la Sala de lo Contenido administrativo de la Audiencia Nacional.